จากสถิติการรักษาโรคนิ่วในถุงน้ำดีของแพทย์โดยส่วนใหญ่พบว่า การรับประทานยารักษามักไม่ค่อยได้ผล เนื่องจากยาไม่สามารถละลายก้อนนิ่วได้หมด รวมถึงเมื่อหยุดยาก็อาจเกิดนิ่วใหม่ได้ ส่วนเครื่องสลายนิ่วจะใช้ได้ดีเฉพาะนิ่วในท่อไต แต่ไม่ได้ผลสำหรับนิ่วในถุงน้ำดี
ปัจจุบันแพทย์จึงแนะนำให้ใช้วิธีการผ่าตัดถุงน้ำดีออก ซึ่งเป็นการรักษาที่มีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะการ ผ่าตัดถุงน้ำดี แบบผ่านกล้อง (laparoscopic cholecystectomy) ซึ่งจัดเป็นรูปแบบหนึ่งของการผ่าตัดแบบ Minimally Invasive Surgery หรือ MIS เป็นวิธีผ่าตัดที่เจ็บน้อยกว่าการผ่าตัดแบบเปิดหน้าท้อง
อย่างไรก็ตามหากผู้ป่วยที่มีปัญหาซับซ้อน เช่น ถุงน้ำดีบวมมาก หรือมีพังพืดล้อมรอบมาก ทำให้แพทย์ไม่สามารถแยกได้ชัดเจนจากอวัยวะข้างเคียง อาจยังคงต้องใช้วิธี ผ่าตัดนิ่วในถุงน้ำดี ด้วยวิธีเปิดแผลหน้าท้องแบบธรรมดา